Daniel Rukavina rodio se 22. veljače 1937. u Sarajevu. Završio je realnu gimnaziju u Tuzli 1955., a 1962. diplomirao na Medicinskom fakultetu Sveučilišta u Zagrebu gdje je i doktorirao 1975.
Od 1962. radio je kao asistent u Zavodu za fiziologiju i imunologiju Medicinskog fakulteta u Rijeci gdje je 1973. postao docent, 1976. izvanredni profesor, a 1981. redovni profesor fiziologije i imunologije. Predstojnik Zavoda za fiziologiju i imunologiju bio je od 1977. do 2003. Od 2009. bio je professor emeritus Sveučilišta u Rijeci. Kao Fulbrightov stipendist od 1972. do 1973. usavršavao se na Department of Cell Biology, Southwestern Medical School u Dallasu. Od 1983. do 1987. bio je dekan Medicinskog fakulteta Sveučilišta u Rijeci, a od 1977. do 1979. te od 1987. do 1990. prodekan. Od 1985. do 1988. bio je predsjednik zajednice medicinskih fakulteta Jugoslavije. Od 2000. bio je vršitelj dužnosti, a od 2001. do 2009. u dva mandata rektor Sveučilišta u Rijeci. Od 2001. do 2002. te od 2007. do 2008. bio je predsjednik Rektorskog zbora hrvatskih sveučilišta.
Za redovitog člana HAZU izabran je 2000., a od 2013. do smrti bio je prvi voditelj Zavoda za biomedicinske znanosti HAZU u Rijeci.
Bavio se kliničkom imunologijom i transplantacijom, posebno imunologijom reprodukcije i imunološkim odnosima između majke i fetusa. Bio je prvi predsjednik Europske federacije za reprodukcijsku imunologiju od 1999. do 2001. i predsjednik Međunarodne udruge za reprodukcijsku imunologiju od 2004. do 2007.
Dobio je nagradu za znanstveni doprinos Ruđer Bošković 1985., a 2003. i Državnu nagradu za znanost za životno djelo.
Kao Fulbrightov stipendist od 1972. do 1973. usavršavao se na Department of Cell Biology, Southwestern Medical School u Dallasu. Od 1983. do 1987. bio je dekan Medicinskog fakulteta Sveučilišta u Rijeci, a od 1977. do 1979. te od 1987. do 1990. prodekan. Od 1985. do 1988. bio je predsjednik zajednice medicinskih fakulteta Jugoslavije. Od 2000. bio je vršitelj dužnosti, a od 2001. do 2009. u dva mandata rektor Sveučilišta u Rijeci. Od 2001. do 2002. te od 2007. do 2008. bio je predsjednik Rektorskog zbora hrvatskih sveučilišta.
Za redovitog člana HAZU izabran je 2000., a od 2013. do smrti bio je prvi voditelj Zavoda za biomedicinske znanosti HAZU u Rijeci.
Odgojio je generacije medicinara i vrsnih znanstvenika, i bio utemeljitelj riječke imunološke škole, koja je obilježila same početke transplantacijske medicine u zemlji, kao i u zemljama okruženja.
